Семена стратифицируют в ящиках с песком или торфом, в траншеях, в снегу.

При стратификации в ящиках семена перемешивают с тройным объемом отсеянного чистого речного песка или отмытого грунтового песка, или с торфяной крошкой. Для более быстрого набухания семян, особенно лежалых сухих семян, их замачивают в воде в течение 2—3 суток или смесь песка с семенами рассыпают тонким слоем и увлажняют ее до полной влагоемкости смеси. Об этом судят так: при сжатии смеси в руке из нее появляются капли воды. Повышенная влажность поддерживается в течение 3—4 суток, а для шиповника, лоха узколистного, клена татарского, ореха манчжурского 7—10 суток. В эти сроки происходит в основном набухание семян. Набухшими считают такие семена, у которых зародыш становится упругим и не крошится при изломе. После того как семена набухают, смесь несколько раз перелопачивают, и она подсыхает до 60% от полной влагоемкости. Затем ее помещают в ящики или в траншеи.

Ящики берут глубиной не более 30—35 см. В дне ящика делают несколько небольших отверстий для стока излишней воды. Один раз в 3—5 дней смесь перемешивают и добавляют воду. Смесь в ящиках выдерживают при комнатной температуре несколько недель или месяцев (в зависимости от породы), а затем выносят в подвал с температурой 2—5° С или под снег толщиной до 1 м. От мышей семена предохраняют металлическими сетками или крышками с отверстиями.

Траншеи, предназначенные для стратификации семян, бывают зимними (промерзающими и непромерзающими) и летними. Для семян, требующих длительной стратификации в течение 3 месяцев и больше, устраивают непромерзающие траншеи. В них стратифицируют семена липы, клена татарского, ясеня обыкновенного, бересклета бородавчатого, лещины, а также косточковых и семечковых пород.

Семена, требующие стратификации менее 3 месяцев (клены остролистный, полевой, приречный, ясенелистный; ясени зеленый и пушистый), стратифицируют в промерзающих траншеях. Семена, требующие очень длительной стратификации (ясень обыкновенный, боярышник), а также семена после длительного хранения стратифицируют в летних траншеях перед осенним посевом.

Семена клена остролистного, ясеней пенсильванского и зеленого, плоды грецкого ореха стратифицируют, помещая их под снег за 3 месяца до посева. На расчищенном участке насыпают слой семян толщиной 10—15 см и покрывают их снегом. Весной снег покрывается слоем соломы, чтобы он не таял и семена не прорастали до высева в грунт.