Сбор плодов производят после наступления зрелости семян. Выделяют несколько стадий спелости семян: молочную, восковую, физиологическую, урожайную (техническую).

В молочной и восковой спелости зародыш семени достиг своей нормальной длины, но еще не приобрел способности прорастать. Однако, если плоды, собранные в стадиях молочной или восковой спелости, хранить тонким слоем в хорошо проветриваемом помещении, семена в них дозревают. Некоторые лесоводы рекомендуют в этой стадии заготавливать шишки сосны и ели, чтобы перенести работы по их заготовке на бесснежный осенний период. При хороших условиях для дозревания семян их всхожесть в течение 2 месяцев, по данным Петрозаводской лесной опытной станции, равнялась 89,6%. Недостатком ранних сборов шишек является необходимость помещений для дозревания семян и понижение всхожести у них, если они подвергнутся действию сильных морозов при дозревании или повышенной температуре при сушке шишек в шишкосушильне.

Такие шишки часто не раскрываются во время сушки или требуют более продолжительного времени для переработки. Семена ранних сборов не стойки против загнивания.

В физиологической спелости зародыш семени приобретает способность к прорастанию, но значительная часть питательных веществ в семени еще находится в форме низкомолекулярных соединений: сахаров, аминокислот, свободных жирных кислот. Исследования показали, что если семена лиственницы сибирской собраны в период физиологической спелости, то в первые дни хранения в них происходит резкий переход моносахаров в дисахара.

В стадии физиологической спелости возможна заготовка труднопрорастающих семян: ясеня обыкновенного, липы, бересклета бородавчатого, боярышника и прочих. Сухие плоды рекомендуется высевать в питомнике сразу после их сбора, а сочные плоды — после их переработки. Посевы таких семян дают дружные всходы в ближайшую весну.

При урожайной, или технической, спелости в семенах в основном заканчивается накопление запасных питательных веществ в виде высокомолекулярных соединений: крахмала, жиров, белков. В это время в семени заканчиваются биологические процессы роста и развития, и семя переходит в состояние относительного покоя, во время которого в нем происходят замедленные процессы дыхания, диссимиляции и ассимиляции питательных веществ.